एफएनएसी टेस्ट की कमियां परीक्षण की सटीकता नमूने की गुणवत्ता से प्रभावित हो सकती है, जो विकास के आकार और स्थान सहित विभिन्न कारकों से प्रभावित हो सकती है। परीक्षण कुछ प्रकार के ट्यूमर या असामान्य वृद्धि के लिए उपयुक्त नहीं हो सकता है, जैसे कि वे जो शरीर के भीतर गहरे हैं या उन क्षेत्रों में स्थित हैं जिन तक पहुंचना मुश्किल है।